1.一般治療
在活動期，應限制活動，充分休息，給予流質飲食，待病情好轉后改為富營養少渣飲食。對于劇烈腹痛和便血的急性期，要絕對安靜，給予腸外中心靜脈營養或腸內營養劑。注意糾正水、電解質平衡紊亂，貧血者可輸血，低蛋白血癥者適當補充人血清蛋白。抗生素治療對一般病例并無指征，但對重癥有繼發感染者，應積極進行抗菌治療。給予廣譜抗生素，靜脈給藥，合用甲硝唑對厭氧菌感染有效。
2.藥物治療
腸型貝赫切特綜合征沒有特異性的藥物治療。
（1）氨基水楊酸制劑柳氮磺吡啶（SASP）是治療本病的常用藥物。
（2）糖皮質激素皮質激素一般在炎癥明顯時或對氨基水楊酸制劑療效不佳者使用。
（3）免疫抑制藥適用于對糖皮質激素治療效果不佳或對糖皮質激素依賴的慢性活動性病例，加用這類藥物后可逐漸減少糖皮質激素用量甚至停用，可選擇以下免疫抑制藥中的一種：環磷酰胺（CTX）、硫唑嘌呤（AZP）或巰嘌呤（6-MP），使用時要注意其副作用。
（4）其他藥物眼癥出現時可應用秋水仙堿，口腔潰瘍可使用激素軟膏涂布，此外還可以試用左旋咪唑、轉移因子等，臨床評價不一。
3.手術治療
發生腸穿孔的病例應緊急手術，腹痛明顯、腹部捫及包塊以及潰瘍較深，通過內科保守治療無效者也主張手術切除。由于術后復發率高，因而適應證的掌握應該慎重。手術一般為回盲部切除或右半結腸切除，術后復發多在回腸側，因而有人提出回腸的切除應該充分。