計算生物學所等建立識別漢族遺傳結構的遺傳標記

　　5月29日，《歐洲人類遺傳學雜志》在線發表了中科院上海生命科學研究院計算生物學研究所徐書華研究組的研究成果A panel of ancestry informative markers to estimate and correct potential effects of population stratification in Han Chinese。

　　該項工作針對復雜疾病關聯研究中由于群體遺傳結構(或群體分層)導致假陽性結果的問題，建立了一套識別漢族內部遺傳結構和控制復雜疾病關聯分析中群體分層的遺傳標記。這套標記尤其適用于“post-GWAS”時代的基于候選基因策略的關聯研究。

　　關聯分析是研究復雜疾病遺傳影響因素并建立“表型-基因型”聯系的重要手段。基于人群樣本設計的關聯研究，尤其是基于“病例-對照”設計的關聯研究，經常面臨的一個困難是人群遺傳結構或群體分層作為一種嚴重的混雜因素導致的假陽性結果。漢族的歷史悠久、起源復雜，加之幾千年的不同程度的基因交流和民族融合，使得漢族遺傳成分極其復雜。在徐書華前期研究中，已經發現漢族人群內部的遺傳結構，并往往導致漢族人群關聯分析中的假陽性結果。因此，如何識別并控制人群遺傳結構對關聯分析結果的影響，成為復雜疾病基因定位研究中不可回避的問題。

　　該項研究通過在5500例漢族個體的全基因組數據中篩選，建立起可以高度識別漢族人群遺傳結構的DNA標記，并進一步通過實驗數據和計算機仿真評估了這套標記的效能。研究成果對今后在漢族人群中從事關聯分析的研究具有實際應用價值。通過這套標記，直接依據DNA信息對遺傳結構進行識別、對樣本進行客觀分類和篩選，是關聯分析合理實驗設計的前提，也是保證關聯分析結果可靠性的必要條件。

　　該工作由計算生物學所徐書華研究員與上海交通大學師詠勇教授以及復旦大學金力教授合作完成。計算生物學所博士生秦鵬飛等實施了具體分析工作。

　　該研究工作得到了國家自然科學基金、中國科學院、上海市科委、德國馬普學會、香港王寬誠教育基金會等基金的資助。