Nature子刊：蛋白質絕對定量的新方法
生物學研究離不開定量。對于絕對定量，通常需要利用已知濃度的分子繪制標準曲線。最近，麻省理工學院、梅約診所和賽默飛世爾科技的研究人員在《Nature Communications》雜志上介紹了一種新方法，能利用串聯質譜儀對多個蛋白質進行絕對定量。 這種方法稱為MARQUIS（Multiplex Absolute Regressed Quantification with Internal Standards），依靠兩種現成的技術：重同位素標記的合成肽段以及質譜的同位素標記試劑。iTRAQ和TMT等試劑有著相同的分子量，但在質譜儀內產生特征的片段。 在MARQUIS方法中，對于每個待定量的肽段，研究人員建立重同位素標記的肽段。他們以不同的量混合這些肽段，并在組織或細胞裂解后立即將一種混合物加入每個生物樣品中。研究小組的負責人Forest White認為：“這是關鍵的一步。你要盡早加入這些肽段，這樣重同位素標記肽段和......閱讀全文
單一同位素肽段質量和平均同位素肽段質量有什么不同？
單一同位素肽段質量（monoisotopic peptide mass）和平均同位素肽段質量（average peptide mass）有什么不同？組成蛋白質的原子在自然界中存在著不同比例的同位素（見下表）。所以含有這些同位素原子的肽段的質量比不含任何同位素的肽段的質量要大。不含任何同位素的肽段的質
肽段
?·?????????Designing Your Peptide? (Genosys)·?????????Handling & Storage of Peptides?(Genosys)Two Dimensional Peptide Mapping?(Sefton Lab)??Synthesizi
Nature子刊：蛋白質絕對定量的新方法
生物學研究離不開定量。對于絕對定量，通常需要利用已知濃度的分子繪制標準曲線。最近，麻省理工學院、梅約診所和賽默飛世爾科技的研究人員在《Nature Communications》雜志上介紹了一種新方法，能利用串聯質譜儀對多個蛋白質進行絕對定量。 這種方法稱為MARQUIS（Multi
大連化物所定量蛋白質組學新技術新方法研究取得進展
近日，中科院大連化學物理研究所生物分離分析新材料與新技術研究組(1809組)鄒漢法、葉明亮研究員等人在定量蛋白質組學新技術新方法研究方面取得新進展。相關研究成果發表在最新一期的Angew. Chem. Int. Ed.上(2013年52卷，9205-9209頁)。 該項研究工作利用胰蛋
出色靈敏度提升復雜基質中目標肽段定量能力（一）
前言生物標志物的研究包括發現（Discovery），驗證（Verification），確認（Validation） 階段， 最后進入臨床檢驗（Clinical Utilization）等更深入的階段。在研究生物標志物的過程中，主要的挑戰在于如何在成分復雜的生物樣品中發現中等豐度或低豐度的蛋白
出色靈敏度提升復雜基質中目標肽段定量能力（二）
高效液相色譜分離高效液相色譜儀: Thermo Scientific EASY-nLC 1000預柱：Dionex PepMap C18 色譜柱（2cm, ID75μm, 3μm）分析柱：Dionex PepMap C18 色譜柱（15cm, ID75μm, 3μm）流動相：A，含0.1% 甲酸的
定量蛋白質組學質譜采集技術進展（一）
摘要 質譜是定量蛋白組學的主要工具。近年來隨著定量蛋白質組學研究的深入,傳統質譜定量技術面臨著復雜基質干擾、分析通量限制等諸多問題。而最近一系列質譜新技術的發展,包括同步母離子選擇(SPS)、質量虧損標記、平行反應監測(PRM)、多重累積(MSX)和多種全新數據非依賴性采集(DIA)等,為解決目前蛋
蛋白質組質譜新方法一覽
2003年人類基因組精細圖繪制完成，是人類科學史上一個里程碑式的事件。后基因組時代的研究重點自然落在了蛋白質頭上。為啥？因為中心法則告訴我們，基因的產物——蛋白質，是生命活動的最終執行者。與基因組類比，研究生物體內全套蛋白質的科學，就是蛋白質組學。基因組計劃完成的同年，人類蛋白質組計劃啟動，令人激動
翻譯后修飾蛋白質的定性和定量實驗6
七、P T M 的定量分析 當研究 P T M 的生物學意義時，如能了解一個特定修飾或一組P T M 的相對或絕對豐度通常會有幫助。這樣可以將不同的生物樣品間的目的修飾進行直接比較。例如, 將正常與疾病狀態下細胞或組織內某一 P T M 的豐度進行比較。定量分析這些變化能夠幫助
翻譯后修飾蛋白質的定性和定量實驗6
七、P T M 的定量分析當研究 P T M 的生物學意義時，如能了解一個特定修飾或一組P T M 的相對或絕對豐度通常會有幫助。這樣可以將不同的生物樣品間的目的修飾進行直接比較。例如, 將正常與疾病狀態下細胞或組織內某一 P T M 的豐度進行比較。定量分析這些變化能夠幫助深人了解 P T M 在
穩定同位素標記多肽
隨著多肽在生物醫藥領域越來越廣泛和深入的應用，標記和修飾性的多肽種類的需求越來越多，質量需求也越來越高。穩定同位素標記就是其中典型的一種。穩定同位素標記示蹤，可以實現肽類代謝途徑研究，能夠隨時追蹤含有同位素標記的多肽在體內或體外位置及數量的變化情況。同位素標記具有高靈敏度、定位簡單、定量準確等優點，
同位素標記的概念
同位素標記是化合物中的原子被其同位素(放射性同位素或穩定同位素)的示蹤原子所取代的標記。
翻譯后修飾蛋白質的定性和定量實驗（五）
六、CID、ECD和 ETD的對比基于質譜的蛋白質組學分析依賴于氣相中肽段在低碰撞能量下斷裂, 在質量譜圖中形成峰。進而通過峰圖確定肽段序列，再推斷出相關蛋白質。完成肽段斷裂最主要的方法就是碰撞誘導解離（collision induced dissociation，C I D ) ( S w
翻譯后修飾蛋白質的定性和定量實驗（五）
六、CID、ECD和 ETD的對比 基于質譜的蛋白質組學分析依賴于氣相中肽段在低碰撞能量下斷裂, 在質量譜圖中形成峰。進而通過峰圖確定肽段序列，再推斷出相關蛋白質。完成肽段斷裂最主要的方法就是碰撞誘導解離（collision induced dissociation，C I
上海生科院：預處理提高定量蛋白質組數據鑒定效率
11月30日，國際學術期刊《分子與細胞蛋白質組學》（Molecular & Cellular Proteomics）在線發表了中國科學院上海生命科學研究院生物化學與細胞生物學研究所系統生物學重點實驗室曾嶸研究組與美國范德堡大學定量科學中心石瑜研究組的最新合作研究成果，揭示了穩定同位素化學標記高精
質譜檢測法與蛋白質分析（三）
Protein(s)：待測蛋白質樣品;Enz. Digestion：酶解;Pep. Mixture：裂解產物混合物; MS Analysis：質譜檢測分析;DB Search：數據庫比對搜索;Identities：鑒定; Prot.DB ：蛋白質數據庫;Proteom
單克隆抗體的標記(酶標記、熒光素標記、同位素標記和...2
單克隆抗體的標記(酶標記、熒光素標記、同位素標記和生物素標記)（3）移入透析袋中，在1000ml 0.01mol/L PH9.5碳酸鹽緩沖液中，4℃透析過夜，更換三次緩沖液，注意避光。?（4）吸取上述醛化好的HRP溶液3ml，加入5mg IgG的碳酸鹽緩沖液1ml，室溫輕攪2-3小時，避光；加入5m
單克隆抗體的標記(酶標記、熒光素標記、同位素標記和...1
目前動物用單抗，在動物疫病診斷和檢疫、妊娠檢測、性別鑒定等方面有廣泛的應用，大多以診斷試劑（盒）的形式提供，其中核心試劑為標記的單抗。下面將介紹最常用的幾種標記技術。?一、酶標記?1、辣根過氧化物酶（HRP）標記?辣根過氧化物酶（HRP）標記單抗和多克隆抗體的常用方法是過碘酸鈉法。其原理是HRP的糖
NIST肽段分析新參考標準問世
美國國家標準技術院（NIST）出版了參考材料設計方案，改善其測量生物分子樣本中肽質量和濃度的實驗的性能和可靠性。新的參考材料被認為是蛋白分析中的一種重要工具。 蛋白質組學研究以及蛋白在生物學中的作用是現代醫學研究最為引人注目的領域之一。蛋白是經典的大分子，由成百上千個氨基酸組成，也能被分成大約50
定量蛋白質組表達譜分析技術——iTRAQ/TMT
iTRAQ(Isobaric Tag for Relative Absolute Quantitation)和TMT(Tandem Mass Tags)技術是分別由美國AB Sciex公司和Thermo公司研發的多肽體外標記定量技術。這兩種技術采用2-10種穩定同位素標簽，通過特異性 標
同位素標記的探針和非同位素標記的探針的特點和應用
同位素標記的探針通常有很高的放射比活性，雜交的靈敏度高，但使用期限短，且有放射性危害，污染物處置困難，需要特殊的儀器和設備，不適用于普通實驗室。近年來非同位素標記法得到很大發展，如酶促標記法（如生物素、地高辛標記法）和化學標記法（如熒光生物素、酶標記法）。非同位素標記的探針保存時間較長、避免了同位素
定量蛋白質組表達譜分析技術iTRAQ/TMT
iTRAQ(Isobaric Tag for Relative Absolute Quantitation)和TMT(Tandem Mass Tags)技術是分別由美國AB Sciex公司和Thermo公司研發的多肽體外標記定量技術。這兩種技術采用2-10種穩定同位素標簽，通過特異性 標記多肽的
熒光標記和同位素標記有什么區別
熒光標記所依賴的化合物稱為熒光物質。熒光物質是指具有共軛雙鍵體系化學結構的化合物，受到紫外光或藍紫光照射時，可激發成為激發態，當從激發態恢復基態時，發出熒光。熒光標記技術指利用熒光物質共價結合或物理吸附在所要研究分子的某個基團上，利用它的熒光特性來提供被研究對象的信息。熒光標記的無放射物污染，操作簡
質譜檢測法與蛋白質分析（二）
傳統的和最新的蛋白質組學研究策略雖然到目前為止，還沒有一種蛋白質組學研究策略能夠對某個蛋白質組進行常規的、完整的分析，但是現在的技術已經非常強大，我們相信，很快就能進行全蛋白質組學研究了。而且，對某個亞蛋白質組（比如某個細胞器或亞細胞結構的蛋白質組）進行研究早就已經不是什么難題了，這已經成為了一種常
Dreyer肽段/蛋白測序儀的小故事
上世紀70年代的生化學家在鉆研細胞信號傳遞、循環和粘附的蛋白化學特征時遇到兩個難題：高精度純化蛋白和提純低分子量蛋白。 比如，在人類破譯干擾素結構之前的20多年中，很難對其進行純化；血管緊縮素II（angiotensin II ，8個氨基酸）和抗利尿激素后葉加壓素（vasopressin，9個
Q－Exactive中TMT定量工作流程的參數優化和Proteome－Di...（五）
MS1 參數 TMT 標記對于母離子來說是真正的同量異序標簽，因此 MS1分辨能力的設置是與未標記樣品完全相同的: 對于 Q Exactive Plus MS 和 Q Exactive HF MS 來說，其分辨率分別為 70,000 和 120,000。這樣的設置足以在不顯著影響數據依賴掃描
DNA探針的非同位素標記
實驗方法原理 進行Southern雜交分析時應標記不帶載體的插入片段作為探針,常用的標記方法耗時很長,它包括將質粒或λDNA經限制性內切酶酶解后分離插入片段,用切口平移法或隨機引物標記法進行標記。相比之下,采用PCR聚合酶鏈式反應法標記探針有幾個優點,只需極少量的質粒DNA(50ng)作模板即可擴增
DNA探針的非同位素標記
實驗方法原理進行Southern雜交分析時應標記不帶載體的插入片段作為探針,常用的標記方法耗時很長,它包括將質粒或λDNA經限制性內切酶酶解后分離插入片段,用切口平移法或隨機引物標記法進行標記。相比之下,采用PCR聚合酶鏈式反應法標記探針有幾個優點,只需極少量的質粒DNA(50ng)作模板即可擴增出
同位素標記法的實驗過程
測量方法分為絕對測量和相對測量。絕對測量是對樣品的實有放射性強度作測量，求出樣品中標記同位素的實際衰變率，在作絕對測量時，要糾正一些因素對測量結果的影響，這些因素包括儀器探頭對于放射源的相對立體角、射線被探頭接收后被計數的幾率、反散射、 放射源的自吸收影響等等。而相對測量只是在某個固定的探測儀器上作
質譜儀
最近又有幾項有關質譜儀的最新進展問世，這些新成果的出現又給我們的生物大分子研究工作補充了“彈藥”。在蛋白質測序方面，基于碰撞誘導裂解技術（CID），又新出現了可變裂解技術（Alternate fragmentation technique），該新技術是基于處在碰撞池中的離子具有的電子傳遞特性開發出來