中科大最新Nature子刊發現lncRNA新功能
來自中科大的消息，中國科學技術大學教授單革課題組發現并命名了一個長鏈非編碼RNA――5S-OT，并發現在靈長類中，5S-OT RNA獲取了調控多個基因可變剪切的新功能。該研究成果發表在10月3日出版的《自然-結構和分子生物學》上。論文的共同第一作者為課題組的博士生胡珊珊和碩士生王小林。從酵母到人類的各種真核細胞中，基因組DNA上的信息主要是由RNA聚合酶II及RNA聚合酶III讀取并轉錄產生相應的RNA。這些RNA按照其是否會作為蛋白質翻譯的模板，可以分為編碼RNA（mRNA，即信使RNA）和非編碼RNA。非編碼RNA是一大類不編碼蛋白質而在細胞中起著調控作用的RNA分子。而mRNA往往以大的pre-mRNA前體方式產生并隨后進行剪切，產生能真正作為翻譯蛋白質的mRNA模板。研究人員發現，在高級靈長類和人類當中，5S-OT RNA獲取了調控多個基因可變剪切的新功能。在高級靈長類和人類中，5S-OT中插入了一個反義Alu序列，并因......閱讀全文
中科大最新Nature子刊發現lncRNA新功能
來自中科大的消息，中國科學技術大學教授單革課題組發現并命名了一個長鏈非編碼RNA――5S-OT，并發現在靈長類中，5S-OT RNA獲取了調控多個基因可變剪切的新功能。該研究成果發表在10月3日出版的《自然-結構和分子生物學》上。論文的共同第一作者為課題組的博士生胡珊珊和碩士生王小林。從酵母到人類的
迄今最全面的非編碼基因組圖譜問世
生命科學 非編碼 DNA 延伸段在發育和基因調控中發揮著關鍵作用。2 月 3 日發表在《自然》（Nature）上的一項新研究稱，來自美國麻省理工學院（MIT）的研究團隊發表了迄今為止最全面的非編碼基因組圖譜，EpiMap（Epigenome Integration across Multi
基因組所發表長非編碼RNA分類問題綜述文章
近日，中國科學院北京基因組研究所基因組科學與信息重點實驗室的“百人計劃”研究員章張及其團隊，與沙特阿卜杜拉國王科技大學(King Abdullah University of Science and Technology)開展科研合作，對長非編碼RNA的分類問題進行了系統綜述，相關論文在RN
拿下靈長類基因組“礦藏”挖掘主導權
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/6/502057.shtm6月2日凌晨，《科學》以研究專刊形式在線發表8篇論文、《科學進展》在線發表2篇論文，集中報道了我國科學家發起并主導的靈長類基因組計劃取得的階段性突破。該計劃由中國科學院昆明動物研究所（
基因組密碼被解鎖：深度學習模型破解非編碼區奧秘
人類基因組中超98%的遺傳變異位于非編碼區，這些變異通過調控染色質可及性、三維構象、剪接加工等多種分子機制影響基因表達，最終導致疾病發生。由于調控機制的復雜性和細胞類型特異性，目前解讀非編碼變異的分子效應仍是重大挑戰。現有深度學習模型在預測功能基因組特征時，往往在輸入序列長度與預測分辨率之間難以兼顧
Nature子刊：非編碼RNA癌癥藥物基因組圖譜新突破
近日，匹茲堡大學藥物遺傳研究中心的楊達和張敏課題組借力于一種名為彈性網絡回歸（Elastic Net regression）的機器學習模型，從1,001個腫瘤細胞系的高通量長非編碼RNA表達譜（long noncoding RNAs, lncRNAs）與265種抗癌藥物敏感性數據中，挖掘出了27
靈長類動物非病毒基因傳遞系統出爐
長期以來，由于病毒基因傳遞方法的局限性，非人類靈長類動物的基因工程進展受限。現在，日本科學家采用了一種非病毒基因傳遞系統，成功將人工基因引入了與人類親緣關系較近的食蟹猴體內。該成果被認為是基因工程領域的里程碑，相關研究發表在最新一期《自然·通訊》雜志上。小型動物模型如小鼠，在模擬人類疾病復雜性方面存
更新再更新！基因總數的確定對我們的影響真那么大嗎？
自2001年人類基因組計劃的最終草案公布以來，蛋白質編碼基因的數目先是被確定在2~2.5萬個，此后，這一數目先后又被一些研究機構分別修改至1.9萬個和超過2.1萬個。近日，西班牙國家癌癥研究中心一項研究又認為，人類基因組中的編碼基因可能會減少20%！意味著對人類基因數目的統計或又要推翻重來。然而
研究揭示靈長類大腦精細視覺編碼新機制
3月30日，《神經元》（Neuron）雜志在線發表了題為《局部和整體物體感知中高級腦區精細視覺的腦機制》的研究論文。該研究由中國科學院上海生命科學研究院神經科學研究所、腦科學與智能技術卓越創新中心、靈長類神經生物學重點實驗室和神經科學國家重點實驗室的王偉研究組完成。左側部分展示了本研究提出的視覺
Nature重要論文：闡析生物學“暗物質”
在我們的基因組中有一些基因并不編碼蛋白質，而是生成長鏈非編碼RNA。近日來自瑞士洛桑大學、洛桑聯邦理工學院(EPFL)和瑞士生物信息學研究所(SIB -SIB)的生物學家們，研究了這些知之甚少的基因類型的功能。發現其中一些基因歷經進化過程保存下來，存在于從人類到青蛙等11個物種之中。研究結果
非編碼區的定義
基因是由成千上萬個核苷酸對組成。組成基因的核苷酸序列可以分為不同區段。在基因表達的過程中,不同區段所起的作用不同。能夠轉錄為相應信使RNA,進而指導蛋白質合成(也就是能編碼蛋白質)的區段叫做編碼區。不能編碼蛋白質的區段叫做非編碼區。非編碼區位于編碼區前后,同屬于一個基因,控制基因的表達和強弱 。
非編碼區的作用
非編碼區雖然不能編碼蛋白質,但對于遺傳信息表達是不可缺少的。在它上面有調控遺傳信息表達的核苷酸序列,是有遺傳效應的。比如RNA聚合酶結合位點。非編碼區對目的基因是不可缺少的。非編碼區上有與RNA聚合酶的結合位點,具有調控作用。基因非編碼區的堿基的插入、缺失和替代也屬于基因突變事件,盡管大多數的研究是
Genome－Research－：3基因或助人類進化成特殊種群
從人類基因組的30億個堿基對中尋找進化出人類的基因并不是一件容易的事。現在，一組研究人員尋找到了由非編碼DNA產生的3個基因，也許正是它們幫助人類進化成了獨特的種群。 人類和黑猩猩在遺傳學上非常相似，但是我們不難分辨兩者之間的許多不同。據《基因組研究》(Genome Research )雜
Cell驚人發現：誰說非編碼RNA不編碼？
來自德克薩斯大學西南醫學中心的Eric Olson和同事們在分析梳理肌肉特異性的長鏈非編碼RNAs(lncRNAs)以了解它們的功能時，發現了一種在骨骼肌中特異性表達的lncRNA。盡管這一RNA以往被歸類為是非編碼RNA，它的序列中包含的一小段卻看上去好像一個編碼區域。這一研究發現發布在《細胞
人類癌癥基因組非編碼區域中鑒別出關鍵的致癌突變
近日，一項刊登在國際雜志Nature上的研究報告中，來自加拿大安大略省癌癥研究所的科學家們通過研究在人類癌癥基因組中的大量非編碼區域（也被稱之為人類癌癥DNA的“暗物質”）中發現了一種新型的致癌突變；這種突變或能作為一種新型潛在的治療靶點，幫助科學家們開發治療多種類型癌癥的新型療法，包括腦癌、肝
NAR：人類基因組中或含有超過20％的非編碼基因
近日，一項刊登在國際雜志Nucleic Acids Research上的研究報告中，來自美國國家癌癥研究中心的科學家們通過研究發現，高達20%的編碼基因可能根本就無法進行編碼，因為這些基因具有非編碼或偽基因（即過時的編碼基因）的特征，由此導致的人類基因組的縮小或許會對生物醫學領域產生重要的影響，
10種靈長類動物基因組研究成果公布
在最新一期的《基因組研究》雜志的網絡版上，來自美國科羅拉多衛生科學中心大學和斯坦福大學的研究人員公布了一項大規模基因組研究的結果。 該研究的目的是分析調查10種包括人類在內的靈長類動物之間基因復制數量的差異，剩余九種靈長類動物分別為黑猩猩、大猩猩、倭黑猩猩、猩猩、長臂猿、短尾猿、狒狒、狨和狐猴。
關于基因表達的轉錄機制介紹
基因表達的轉錄過程由RNA聚合酶（RNAP）進行，以DNA為模板，產物為RNA。RNA聚合酶沿著一段DNA移動，留下新合成的RNA鏈。 基因組DNA由兩條反向平行和反向互補鏈組成，每條鏈具有5'和3'末端。這兩條鏈分別稱為“模板鏈”（產生RNA轉錄物的模板）和“編碼鏈”（含有轉
基因表達的轉錄機制介紹
轉錄過程由RNA聚合酶（RNAP）進行,以DNA為模板,產物為RNA。RNA聚合酶沿著一段DNA移動,留下新合成的RNA鏈。 基因組DNA由兩條反向平行和反向互補鏈組成,每條鏈具有5'和3'末端。這兩條鏈分別稱為“模板鏈”（產生RNA轉錄物的模板）和“編碼鏈”（含有轉錄本序列的
基因組所開發出編碼蛋白質DNA序列并行比對工具ParaAT
中國科學院北京基因組研究所基因組科學與信息重點實驗室“百人計劃”章張研究員，帶領其團隊成功開發出“編碼蛋白質DNA序列并行比對工具—ParaAT（Parallel Alignment and back-Translation）”。該研究成果發表在Biochemical and Biop
基因轉錄因子的相關介紹
轉錄因子(transcription factor)是起調控作用的反式作用因子。轉錄因子是轉錄起始過程中RNA聚合酶所需的輔助因子。真核生物基因在無轉錄因子時處于不表達狀態，RNA聚合酶自身無法啟動基因轉錄，只有當轉錄因子(蛋白質)結合在其識別的DNA序列上后，基因才開始表達。轉錄因子的結合位點
關于基因轉錄的轉錄因子介紹
轉錄因子(transcription factor)是起調控作用的反式作用因子。轉錄因子是轉錄起始過程中RNA聚合酶所需的輔助因子。真核生物基因在無轉錄因子時處于不表達狀態，RNA聚合酶自身無法啟動基因轉錄，只有當轉錄因子(蛋白質)結合在其識別的DNA序列上后，基因才開始表達。轉錄因子的結合位點
AI揭示影響人腦發育基因組突變
科技日報北京2月21日電 美國研究人員使用人工智能（AI）模型揭示了可能影響人類認知進化的基因組突變。這項人類基因組學的開創性研究可能會促進發現復雜腦部疾病的新療法。該研究發表在新一期的《科學進展》上。 認知是人類進化的一個決定性特征，使人類有別于其他靈長類動物。盡管自人類與黑猩猩分道揚鑣以來發生
帶你走進神秘的長鏈非編碼RNA
長鏈非編碼RNA(lncRNA)是一類轉錄本長度超過200nt的RNA分子，它們并不編碼蛋白，而是以RNA的形式在多種層面上（表觀遺傳調控、轉錄調控以及轉錄后調控等）調控基因的表達水平。lncRNA起初被認為是基因組轉錄的“噪音”，是RNA聚合酶II轉錄的副產物，不具有生物學功能。然而，近年來的研究
“冷門”密碼子編碼為非天然蛋白質制造提供新平臺
僅僅用20種氨基酸“積木”就排列組合出千千萬萬種蛋白質，從而演繹出豐富多彩的生命圖景，這正是大自然的“造化”。日前，浙江大學生命科學研究院研究員林世賢團隊發明了“稀有密碼子重編碼技術”，嘗試讓細胞調用20種以外的非天然氨基酸來制造蛋白質。“稀有密碼子重編碼技術”（RCR）與“基因密碼子拓展技術”（G
北京基因組所合作開發完成長非編碼RNA數據庫
長非編碼RNA（Long non-coding RNA, lncRNA）是近年來國際研究的新熱點,與人類癌癥、神經系統等疾病發生密切相關，在疾病診療方面表現出了潛在的重大應用價值。雖然長非編碼RNA表達量相對較低，但由于其在轉錄、基因組印記、翻譯、可變剪切、轉錄后表達調控、蛋白運輸與定位等過程的
非編碼序列的概念
中文名稱非編碼序列英文名稱non-coding sequence定 義基因中不具有編碼功能的序列。如真核生物基因的內含子、啟動子等。應用學科生物化學與分子生物學（一級學科），基因表達與調控（二級學科）
非編碼序列的定義
中文名稱非編碼序列英文名稱non-coding sequence定 ?義基因中不具有編碼功能的序列。如真核生物基因的內含子、啟動子等。應用學科生物化學與分子生物學(一級學科),基因表達與調控(二級學科)
簡述非編碼RNA的成熟
多數生物體中的非編碼基因（ncRNA）被轉錄為需要進一步加工的前體。核糖體RNA（rRNA）通常被轉錄為含有一個或多個rRNA的前體rRNA,前體rRNA后來在特定位點被大約150種不同的snoRNA切割和修飾。轉移RNA（tRNA）的5'和3'端序列分別被RNase P和tRN
逐次修正基因組法：有效提高非模式生物蛋白質組鑒定...
逐次修正基因組法：有效提高非模式生物蛋白質組鑒定的新策略隨著高通量測序技術的不斷崛起，全基因組測序也逐步普及。越來越多的物種基因組予以公布。目前，主要有兩種獲得研究物種參考基因組的策略：de novo 基因組拼接和基于mapping算法的基因組序列修正，mapping是指將所有測序讀段通過序列比對定