原噬菌體denovo預測新算法在南海研究所建立
中國科學院南海海洋研究所研究員王曉雪團隊建立了一種不依賴于噬菌體基因序列相似性的原噬菌體de novo預測新算法，集成分析流程的工具名為Prophage Tracer。9月22日，相關研究成果在線發表在《核酸研究》上。 烈性噬菌體侵染細菌宿主后，大量繁殖，裂解宿主細胞釋放子代噬菌體粒子。溫和噬菌體則是進入宿主細胞內，將自身的DNA整合在宿主的基因組中，隨著宿主細胞的復制而復制。這一過程稱噬菌體的“溶原化”，整合在宿主基因組中的噬菌體DNA稱“原噬菌體”（prophage）。特定條件能重新激活原噬菌體使其裂解宿主。研究發現在人、小鼠腸道以及珊瑚微生物組中溶原化的溫和噬菌體比裂解狀態更普遍。溫和噬菌體的溶原-裂解轉換是微生物生態領域的重要科學問題之一。 溫和噬菌體能和宿主形成長期共生關系，其整合切離等可以破壞或恢復宿主的基因正常功能，是宿主基因表達調控的重要途徑。研究團隊前期發現，希瓦氏菌的原噬菌體CP4So可以在低溫誘導條......閱讀全文
全基因組測序確定腦瘤的基因變異
日前，圣猶達兒童研究醫院（St. Jude Children's Research Hospital）的研究人員在新研究中鑒別出了一種兒童腦瘤亞型一半以上患者的致病性突變。此外他們還證實這些腫瘤對已經在研發中的一些藥物敏感。這項研究論文刊登在了近期出版的《自然-遺傳學》（Nature Genet
細菌宿主對溫和噬菌體“沉默—激活”機制獲揭示
??中國科學院南海海洋研究所研究員王曉雪團隊發現細菌宿主H-NS蛋白調控原噬菌體的“沉默—激活”過程的新機制。相關研究3月8日在線發表于《核酸研究》。劉曉曉副研究員為該論文第一作者，王曉雪研究員為論文通訊作者。 噬菌體是海洋中最豐富、最多樣化的一類病毒。同其他病毒一樣，噬菌體依靠宿主進行生存繁殖
原噬菌體de－novo預測新算法在南海研究所建立
中國科學院南海海洋研究所研究員王曉雪團隊建立了一種不依賴于噬菌體基因序列相似性的原噬菌體de novo預測新算法，集成分析流程的工具名為Prophage Tracer。9月22日，相關研究成果在線發表在《核酸研究》上。 烈性噬菌體侵染細菌宿主后，大量繁殖，裂解宿主細胞釋放子代噬菌體粒子。溫和噬
雪貂基因組測序加深人類疾病研究
近日，一個國際研究團隊進行了雪貂基因組測序,他們認為這將鞏固雪貂作為研究人類呼吸道疾病如流感和囊性纖維化的生物模型。 研究人員檢查了雪貂感染大范圍流感病毒后基因隨著時間推移的不同表達，通過研究囊性纖維化雪貂模型反映了人類疾病的發展。 基因分析中心的合著人Federica Di Palm
細菌宿主對溫和噬菌體“沉默激活”機制研究進展
近期，中國科學院南海海洋研究所研究員王曉雪團隊發現細菌宿主H-NS蛋白調控原噬菌體的“沉默-激活”過程的新機制。相關研究成果以Xenogeneic silencing relies on temperature-dependent phosphorylation of the host H-NS
謝曉亮：單細胞全基因組測序曙光初現
?謝曉亮 12月21日出版的美國《科學》雜志發表了題為《單細胞全基因組測序探索精子重組規律和遺傳缺陷》的論文。同時，該期《科學》雜志也將單細胞全基因測序列為2013年六大值得關注的科學領域之一。 該論文由美國科學院院士、哈佛大學教授謝曉亮課題組與北京大學生物動態光學成像中心（
南海海洋所發現新穎的I型毒素抗毒素系統
近日，國際刊物《核酸研究》在線報道了發現并鑒定出位于原噬菌體中的I型毒素-抗毒素系統RalR-RalA的論文(Nucleic Acids Research, 2014, doi: 10.1093/nar/gku279)，證明噬菌體基因整合到宿主基因組后會發生功能變化。該成果由中國科學院南海海洋研
Nucleic－Acids－Res：王曉雪等發現新穎的I型毒素抗毒素系統
近日，國際刊物《核酸研究》在線報道了發現并鑒定出位于原噬菌體中的I型毒素-抗毒素系統RalR-RalA的論文(Nucleic Acids Research，2014，doi： 10.1093/nar/gku279)，證明噬菌體基因整合到宿主基因組后會發生功能變化。該成果由中國科學院南海海洋研究所
國家能源局原副局長王曉林被“雙開”
日前，經中共中央批準，中共中央紀委對國家能源局原黨組成員、副局長王曉林嚴重違紀問題進行了立案審查。 經查，王曉林嚴重違反政治紀律和政治規矩，違規打探巡視信息；違反中央八項規定精神，長期違規打高爾夫球，違規接受宴請，甘于被“圍獵”；違反組織紀律，在干部選拔任用中為他人謀取利益并收受財物，不按規定
基因組測序
如果樓主指的是人類基因組計劃，那時用的方法叫做雙脫氧終止法，也叫做sanger法。它的原理是在DNA合成過程中，DNA聚合酶能夠使用ddNTP(雙脫氧核苷酸）來作為原料，但它的反應會在加入ddNTP的時候終止。具體實驗是通過PCR來完成的，但與普通PCR不同，它只需要一個引物而不是一對。在4個相同的
全基因組測序可識別癌癥相關變異－有助預防護理
美國德州大學(UT)西南醫學中心研究人員證明，全基因組測序可識別病人患遺傳性癌癥的風險，有望改善癌癥的預防、診斷和護理。這項研究首次用全基因組測序評估了258個癌癥病人的基因組，提高了診斷出有癌變傾向的基因變異的能力。相關論文在線發表于最近的《E生物醫學》雜志上。 “全基因組測序是一種新的基因
研究發現噬菌體協助細菌之間建立“界限”
細菌是“高情商”的生物，懂得“社交”。他們以團結協作的群體形式生活在自然環境中，以抵抗來自外界環境的壓力。同一細菌群體中還存在自我識別能力，可以區分哪些是同一家族，同時共同抵抗“異族”。具有擴散能力的化學信號分子和細菌的表面受體可作為細菌群體識別的語言和工具。 噬菌體是地球上數量最多的一種細菌
王曉雪、歐陽松應團隊發現VII型毒素/抗毒素系統
中國科學院南海海洋研究所熱帶海洋生物資源與生態重點實驗室研究員王曉雪團隊與福建師范大學教授歐陽松應團隊，合作發現廣泛分布在細菌和古菌中的一大類毒素/抗毒素（TA）系統的新作用機制，并建議命名為VII型 TA。相關研究10月12日在線發表于《核酸研究》。 TA系統廣泛分布于原核生物基因組中，目前
北京本起疫情病例病毒全基因組測序完成，均系Delta變異
2021年11月10日我市接報1例在京存在活動軌跡的外省協查病例后，立即響應、迅速行動、嚴格落實各項防控措施、堅決阻斷病毒傳播鏈條。 截至11月11日24時，全市共發現7例與外省協查病例存在關聯的新冠病毒感染者，其中朝陽區2例、海淀區5例。目前北京市疾控中心實驗室已完成5例確診病例病毒全基因組
PNAS:外顯子變異檢測——全基因組測序比全外顯子測序更強大
目前，全外顯子測序和全基因組測序技術在遺傳分析和發現導致疾病發生的潛在基因突變方面應用越來越廣泛，隨著測序技術的不斷迭代更新，越來越成熟，昂貴的價格會逐漸降低，那么在排除價格因素之后，全外顯子測序和全基因組測序在檢測外顯子突變方面究竟誰更加強大呢？來自美國的科學家對這一問題進行了相關研究，其研究
與結球白菜馴化相關的重要候選基因的鑒定
021年5月31日，Genome Biology（IF3y=12.683）在線發表了中國農業科學院蔬菜花卉研究所王曉武團隊完成的題為“Impacts of allopolyploidization and structural variation on intraspecific diversi
長讀長測序顯優勢－基因組復雜結構變異檢測實現新突破
基因組結構變異是很多癌癥、遺傳病等疾病的重要誘因。目前基于二代測序技術檢測基因組結構變異存在很大的局限性，而三代測序存在錯誤率較高等多種問題，尤其針對復雜結構變異大多軟件識別能力較差。針對這一問題，近日，在Nature Methods發表的一項最新研究中，研究人員開發了基因組比對工具NGMLR和
基因組測序儀簡介
基因組測序儀是一種用于生物學領域的分析儀器，于2012年12月19日啟用。 技術指標 個體化基因組測序儀主機/ION TORRENT主機。 主要功能 樣品處理、快速的運行時間以分析單個或多個樣品 支持多重文庫，從而實現最大的效率和經濟性 可在必要時禁用個別測序通道，以節約試劑用量。
認識泛基因組測序
什么是泛基因組？2005年，Tettelin等人提出了微生物泛基因組概念（pangenome，pan源自希臘語‘παν’，全部的意思），泛基因組即某一物種全部基因的總稱。2009 年，Li等人首次采用新全基因組組裝方法對多個人類個體基因組進行拼接，發現了個體獨有的DNA序列和功能基因，并首次提出了“
PNAS：甜瓜基因組測序
甜瓜在世界范圍具有很高的經濟價值，日前西班牙的九個研究中心通力合作，利用羅氏454平臺完成了甜瓜基因組的測序。除了甜瓜的全基因組，科學家還得到了 7個特定甜瓜品種的基因組，文章發表在Proceedings of the National Academy雜志上。 聯合國糧農組織2009年
單細胞測序技術應用于癌癥無創診斷
2013年12月10日著名學術期刊美國《國家科學院院刊》(Proceedings of the National Academy of Sciences USA)在線發表了北京大學生命科學學院生物動態光學成像中心謝曉亮、白凡課題組與北大腫瘤醫院王潔團隊合作的研究結果。在題為“Reprod
神華原副總王曉林履新能源局－煤炭脫困再添專家
王曉林調入能源局，意味著2013年能源局和電監會重組后，迎來一位煤炭行業出身的副局長，或為當前煤炭行業脫困帶來助力。 國家能源局迎來重組后首位來自煤炭企業的副局長。 8月19日，人力和社會保障部官網發布消息，國務院任命鄭柵潔為國家能源局副局長(副部長級)，王曉林為國家能源局副局長；同時，免去
我國完成桑蠶大規模基因組重測序和遺傳變異圖譜構建
北京時間8月28日凌晨2時，由深圳華大基因研究院與西南大學合作的研究成果“40個基因組的重測序揭示了蠶的馴化事件及馴化相關基因”在國際權威學術刊物《科學》上發表，這是科學家繼2003年在家蠶基因組研究領域取得進展后的又一重要成果。 據悉，科學家共獲得了40個家蠶突變品系和中國野桑蠶的全基因
解碼“基因組學之父”桑格：測序，測序，測序
“桑格當之無愧地被稱為‘基因組學之父’，他的工作為人類讀取和理解基因代碼奠定了基礎，徹底變革了生物學并極大促進了當今的醫學發展。”、 有一天，65歲的英國生物化學家弗雷德里克·桑格(Frederick Sanger)突然停下手中的試驗，轉身走出實驗室，宣布自己正式退休。那一年是1983
關于全基因組測序的測序指標介紹
一、全基因組測序的測序指標— 深度 測序深度（Sequencing depth）是指測序得到的堿基總量（bp）與基因組大小的比值，它是評價測序量的指標之一。測序深度與基因組覆蓋度之間是一個正相關的關系，測序帶來的錯誤率或假陽性結果會隨著測序深度的提升而下降。測序的個體，如果采用的是雙末端或Ma
我國完成小麥A基因組測序
本報訊（記者丁佳）5月10日，《自然》雜志刊發了中國科學院的一項最新成果，該項研究完成了小麥A基因組的測序和染色體精細圖譜的繪制。 這項由中科院遺傳與發育生物學研究所植物細胞與染色體工程國家重點實驗室、中科院種子創新研究院和遺傳發育所基因組分析平臺等合作完成的研究，全面揭示了小麥A基因組的結構和
基因組測序拯救鸮鸚鵡
為了保護極度瀕危的新西蘭鸮鸚鵡kakapo，幾乎所有剩余個體的基因組都已被測序，這為其保護管理提供了重要信息。 新西蘭鸮鸚鵡kakapo（Strigops habroptila）有幾個特性。它是世界上最重的鸚鵡，有的雄性甚至超過3公斤，被認為有達90年的最長壽命。它是唯一一種不會飛的鸚鵡，通過
我國完成小麥A基因組測序
?? 5月10日，《自然》雜志刊發了中國科學院的一項最新成果，該項研究完成了小麥A基因組的測序和染色體精細圖譜的繪制。這項由中科院遺傳與發育生物學研究所植物細胞與染色體工程國家重點實驗室、中科院種子創新研究院和遺傳發育所基因組分析平臺等合作完成的研究，全面揭示了小麥A基因組的結構和表達特征，對深入和
什么是基因組測序技術
自1998年美國塞萊拉遺傳公司組建以來，人類基因組研究開始由兩部分科學家同時展開，分別是由公共經費支持的人類基因組工程和美國塞萊拉遺傳公司。在研究過程中，他們也分別采用了兩種不同的測序和分析的方法。塞萊拉公司的核心分析方法被稱為"霰彈法"，人類基因組工程則采用了"克隆法"。所謂"霰彈法"，其實是一種
盤點最新基因組測序成果
the scientist雜志發表文章盤點了幾項最新的基因組測序成果以饗讀者： 種屬：非洲腔棘魚（Latimeria chalumnae） 基因組：~2.86 billion bp 人們曾經認為腔棘魚早在七千萬年前就已滅絕，直到1938年一只腔棘魚在南非海岸被漁民捕獲。這種魚看上去跟三億年