科學家繪制細胞游離DNA單分子全基因組突變圖譜
體細胞突變是腫瘤發生的標志，可用于癌癥的無創診斷。美國約翰·霍普金斯大學醫學院繪制細胞游離DNA單分子全基因組突變圖譜，用于癌癥無創檢測。該研究成果于近日發表在《Nature Genetics》雜志上，題為：Single-molecule genome-wide mutation profiles of cell-free DNA for non-invasive detection of cancer。 研究人員分析了泛癌癥全基因組分析（Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes，PCAWG）研究中2511人的全基因組測序數據，以及4個前瞻性隊列中489人的全基因組測序數據。他們發現，癌癥患者組織和細胞游離DNA不同區域突變的特異性頻率及復制時間與其他染色質特征相關。研究人員訓練了一個機器學習模型，將全基因組突變圖譜與其他特征相結合，并導入已通過CT成像檢測出肺癌的I期和II期患者結果。經在......閱讀全文
昆蟲全基因組DNA的提取
實驗概要利用改進的CTAB 法提取昆蟲全基因組DNA。主要試劑1. 蛋白酶K[美國Merck公司]2. 三羥甲基氨基甲烷(Tris)[美國Amresco公司]3. Taq DNA聚合酶及dNTP[NEB公司]4. 瓊脂糖及溴化乙錠(EB)[美國Amresco公司生產]5. 乙二胺四乙酸鈉(Na2ED
單頭昆蟲基因組DNA的提取
實驗概要一種簡單快速提取單頭小型昆蟲基因組DNA的方法。主要試劑1. 蛋白酶K[美國Merck公司]2. 三羥甲基氨基甲烷(Tris)[美國Amresco公司]3. Taq DNA聚合酶及dNTP[NEB公司]4. 瓊脂糖及溴化乙錠(EB)[美國Amresco公司]5. 乙二胺四乙酸鈉(Na2EDT
Science：單分子實時觀測DNA復制
由于DNA長鏈常常出現單個堿基的缺失或是損傷，因此DNA損傷相當常見，每天每個細胞大約有100萬個分子損害。這些損傷可以造成DNA復制過程停滯，從而導致細胞死亡。為了避免它，細胞利用幾個信號通路來繞過損傷繼續DNA復制過程。近日來自西班牙巴塞羅那大學的研究人員利用一些單分子操縱技術在體外重現了其
分子遺傳學詞匯單鏈DNA
中文名稱：單鏈DNA外文名稱：single－stranded DNA定義：大部分DNA以雙螺旋結構存在，但一經熱或堿處理就會變為單鏈狀態。
單分子測序輕松升級參考基因組
現代基因組學的最大需求之一，就是得到人類和模式生物的高質量完成基因組。目前，人們利用二代測序技術對越來越多的物種(從原核生物到真核生物)進行了基因組測序，取得了許多重要的研究成果。 不過大部分物種的基因組還中存在有大量的缺口gap，就目前的數據來說，各種已測序物種的基因組中缺口gap所占的
分子的重復機制全基因組復制
又稱多倍性，是減數分裂不分離導致整個基因組復制的現象。多倍體在植物中很常見，但動物上也發生過?[3]??。全基因組復制會使得許多其它基因最終丟失，返回到單一狀態。然而，許多基因的保留導致了適應性創新。多倍體也是眾所周知的物種形成的一個來源，因為具有與親本物種不同染色體數目的后代通常不能與非多倍體生物
從全血中純化基因組－DNA－實驗方法
試劑、試劑盒 乙醇異丙醇RNA 酶 A全血儀器、耗材 瓊脂糖凝膠電泳離心管Wizard 基因組 DNA 純化試劑盒實驗步驟 一、材料1. 緩沖液、溶液和試劑乙醇，70%，室溫異丙醇, 室溫RNA 酶 A將 RNA 酶 A 溶解于 DNA 再水合液中至終濃度為 4 mg/ml, 煮沸 10min 以去
從全血中純化基因組－DNA－實驗方法
? ? ? ? ? ? 試劑、試劑盒 乙醇 異丙醇 RNA 酶 A 全血 儀器、耗材 瓊脂糖凝膠電泳
從全血中純化基因組－DNA－實驗方法
用于從全血（10 ml) 中分離基因組 DNA 的 Wizard 基因組 DNA 純化試劑盒建立在一個四步程序基礎上的。純化程序的第一步包括血紅細胞的裂解、可溶部分的棄除，隨后是白細胞及其細胞核的裂解。本實驗來源于 PCR 實驗指南（第二版），作者：種康，瞿禮嘉。試劑、試劑盒乙醇異丙醇RNA 酶 A
Cell：單分子測序揭示驚人的基因組重排
科學家們發現，生活在池塘里的單細胞生物Oxytricha trifallax有一種非凡的能力，它們能在交配時將DNA打碎并快速重排這些片段。這項研究發表在上一期的Cell雜志上。 Oxytricha的基因重排是一個非常精密的過程，“這是大自然早期一種的復雜化嘗試，”文章的資深作者，Prince
單分子測序改善微生物基因組組裝
美國國家生物防衛分析和反制中心的研究人員近日在《Genome Biology》上發表文章，介紹了SMRT技術在微生物基因組組裝上的應用。他們認為，單分子測序數據能降低測序費用，并帶來更多完整的基因組，改善微生物基因組數據庫的質量。 隨著測序費用的不斷下降，測序項目的數量也在不斷上升。G
Cell：單分子測序揭示驚人的基因組重排
科學家們發現，生活在池塘里的單細胞生物Oxytricha trifallax有一種非凡的能力，它們能在交配時將DNA打碎并快速重排這些片段。這項研究發表在上一期的Cell雜志上。 Oxytricha的基因重排是一個非常精密的過程，“這是大自然早期一種的復雜化嘗試，”文章的資深作者，Prince
分子遺傳學詞匯單鏈DNA結合蛋白
中文名稱：單鏈DNA結合蛋白外文名稱：Single-stranded DNA-binding protein定義：單鏈DNA結合蛋白（Single-stranded DNA-binding protein，縮寫SSB或SSBP）又稱單鏈結合蛋白，是專門負責與DNA單鏈區域結合的一種蛋白質，為DNA復
掌握DNA分子的“車流速度”－單分子操作實現近乎完美控制
瑞士洛桑聯邦理工學院（EPFL）研究人員多年來致力于改進納米孔技術,該技術可讓DNA分子通過膜上的小孔以測量離子電流,研究人員則可以通過分析核苷酸在電流通過時的擾動情況,來確定DNA的核苷酸序列。該研究19日發表在《自然·納米技術》上。 分子的快速運動使得對其實現高精度分析具有挑戰性。EPFL
Illumina推出Nextera－DNA－Flex全基因組測序制備產品
近日，Illumina宣布推出一款全新的全基因組測序(WGS)文庫制備產品——Nextera DNA Flex，它讓全血和唾液樣本省去了樣本制備，也讓文庫制備流程跳過了一些繁瑣步驟，比如DNA的機械片段化、定量和歸一化。Nextera DNA Flex提供了一個快速、整合的流程，適合廣泛的應用，
定位全基因組范圍DNA修復的新方法
北卡羅來納大學的研究人員近日開發出一種全基因組范圍的測序分析，可定位DNA切除修復。這種被稱為切除修復測序（XR-seq）的方法發表在新一期的《Genes & Development》雜志上。 這項研究的通訊作者是北卡羅來納大學醫學院生物化學及生物物理系的Aziz Sancar以及芝加哥大學人
謝曉亮：當單分子遇上基因組學
當單分子遇上基因組學，它們會擦出什么樣的火花？著名華人學者謝曉亮（Sunney Xie）博士圍繞這個話題，在《美國醫學會雜志》（JAMA）上發表了文章。謝博士現任哈佛大學化學及化學生物學系教授，也任北京大學生物動態成像中心主任。 謝博士寫道，單分子成像和操作的進步導致了單分子生物學的出現。由于
單分子遇上基因組學：會擦出什么火花
當單分子遇上基因組學，它們會擦出什么樣的火花?著名華人學者謝曉亮(Sunney Xie)博士圍繞這個話題，在《美國醫學會雜志》(JAMA)上發表了文章。謝博士現任哈佛大學化學及化學生物學系教授，也任北京大學生物動態成像中心主任。 謝博士寫道，單分子成像和操作的進步導致了單分子生物學的出現。由于
Nature：用于蛋白質分析的單分子DNA技術
George Church 及同事開發出用于并行蛋白相互作用分析、借助用于蛋白功能分析的單分子DNA方法的一個“單分子相互作用測序”(SMI-seq)技術。 SMI-seq的工作原理是，通過核糖體顯示或酶結合將蛋白耦合到DNA識別符或“條碼”上。 這些條碼化的蛋白然后在水溶液中被一起分析，并
《科學》：新型單分子DNA測序儀研制成功
新發現朝1000美元/人的宏偉基因組測序計劃邁近了堅實一步 美國Helicos BioSciences公司研究人員近日稱，他們開發出了一種新型的測序設備——單分子DNA測序儀(single-molecule DNA sequencers)。該儀器能夠“閱讀”單分子DNA的單個堿基。相關研究文章發表
“DNA損傷單分子偏振成像檢測裝置研制”項目通過驗收
12月9日，中國科學院計劃財務局組織專家對生態環境研究中心汪海林研究員承擔的“DNA損傷單分子偏振成像檢測裝置研制”項目進行現場驗收。驗收組專家聽取了項目組的工作報告、使用報告、財務報告、測試組的測試報告，現場檢查了實驗裝置的運行情況，審核了相關檔案材料，經提問和討論，驗收專家組認
馬鈴薯單倍型DM基因組全序列完成圖組裝成功
中國農業科學院蔬菜花卉研究所馬鈴薯遺傳育種與栽培創新團隊和蔬菜分子設計育種創新團隊，對馬鈴薯單倍型DM的基因組進行了全序列組裝，獲得了包含24個端粒和12個著絲粒完整序列的馬鈴薯單倍型DM的端粒到端粒（T2T）的基因組完成圖（DM8.1），并在之前馬鈴薯基因組未能完整組裝的高度重復序列區域中，發現了
從全血和體液中提取基因組DNA的操作步驟
提取DNA需要的儀器和試劑： ⑴ 1.5ml 離心管⑵ 移液管: 1000μl, 200μl, 40μl 各一支和移液管尖頭: 100-1000μl, 1-200μl 各一盒⑶ 微型濾柱（備用）⑷ 小型旋轉混合器一臺⑸ 小型離心機: 可放入1.5ml 離心管和2ml收集管.⑹ 恒溫水浴⑺ 電冰箱:
從全血中提取基因組DNA用到各試劑的作用
全血基因組DNA提取試劑盒（離心柱型）作用原來具體是這樣的：獨特的結合液/蛋白酶K迅速裂解細胞和滅活細胞內核酸酶,然后基因組DNA在高離序鹽狀態下選擇性吸附于離心柱內硅基質膜,再通過一系列快速的漂洗－離心的步驟,抑制物去除液和漂洗液將細胞代謝物,蛋白等雜質去除,最后低鹽的洗脫緩沖液將純凈基因組DNA
第三代基因組測序儀實現單分子速讀
第三代基因組測序儀實現單分子速讀在上周末于美國佛羅里達州馬可島召開的“基因組生物學與技術進展大會”上，來自加利福尼亞門洛帕克市的太平洋生物科技公司介紹了其研制的第三代基因組測序儀，該測序儀實現了一次標記一個分子式的單分子速讀。研究人員指出，第三代測序儀的關鍵優勢是能夠對單個DNA（脫氧核糖核酸）分子
第三代基因組測序儀實現單分子速讀
第三代基因組測序儀實現單分子速讀在上周末于美國佛羅里達州馬可島召開的“基因組生物學與技術進展大會”上，來自加利福尼亞門洛帕克市的太平洋生物科技公司介紹了其研制的第三代基因組測序儀，該測序儀實現了一次標記一個分子式的單分子速讀。研究人員指出，第三代測序儀的關鍵優勢是能夠對單個DNA（脫氧核糖核酸）分子
第三代基因組測序儀實現單分子速讀
在上周末于美國佛羅里達州馬可島召開的“基因組生物學與技術進展大會”上，來自加利福尼亞門洛帕克市的太平洋生物科技公司介紹了其研制的第三代基因組測序儀，該測序儀實現了一次標記一個分子式的單分子速讀。研究人員指出，第三代測序儀的關鍵優勢是能夠對單個DNA（脫氧核糖核酸）分子進行測序，而目前市場上的主流測序
將DNA導入酵母細胞實驗_單鏈高分子質量載體DNA的制備
實驗材料待轉化的酵母菌株試劑、試劑盒 DNA (從鮭魚精巢制備的DNA III型鈉鹽 Sigma #D1626)l×TE緩沖液 pH 8.0 緩沖液平衡酚1: 1 (W)酚 氯仿氯仿3 mol L 乙酸鈉 pH 5.2100%乙醇 冰冷儀器、耗材超聲波發生器實驗步驟1) 將DNA溶于pH 8.0的1
單分子閥門－實現納米通道中的單分子流動
科學界設想利用微小的分子作為構建物體的基礎元素，類似于我們用機械部件組裝東西的方式。然而，挑戰在于分子非常小，大約是一個壘球大小的一億分之一，而且它們在液體中會隨機移動，使得控制和操縱它們成為一種單一的形式很困難。為了克服這一障礙，能夠通過非常狹窄的通道（尺寸類似于百萬分之一根吸管）輸送分子的"納米
OPGEN全基因組圖譜應用系列——鞭蟲全基因組測序
鞭蟲是一種常見的土壤傳播寄生蟲，地理分布廣，感染率高，寄生于人體盲腸，導致人體慢性感染，對人類危害巨大。鞭蟲的全基因組測序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，發表在世界頂級期刊《Nature Genetics》上。該研究通過對2種不同