如何精準檢測評估基因組組裝質量？
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/510594.shtm......閱讀全文
怎樣對基因組DNA質量檢測
怎樣對基因組DNA質量檢測用凝膠電泳看,有沒有質白質和RNA等物質的污染,還可以測OD,用OD260/280來判斷,當OD260/OD280< 1.8,表示蛋白質含量較高當OD260/OD280> 2.0,表示RNA含量較高當OD260/OD280=1.2.0,表示DNA較純
高質量枸杞基因組被公開
2021年6月3日，Nature旗下期刊Communications Biology發表了寧夏農林科學院曹有龍研究員團隊與福建農林大學劉仲健教授團隊等合作完成的“Wolfberry genomes and the evolution of Lycium (Solanaceae)” 的重要成果。該
高質量豌豆參考基因組和泛基因組解析完成
9月22日，中國農業科學院作物科學研究所特色農作物優異種質資源發掘與創新利用創新團隊聯合國內外多家合作單位，成功繪制了中國豌豆基因組高質量精細物理圖譜，構建了栽培和野生豌豆泛基因組，解析了豌豆基因組進化特征、群體遺傳結構，為揭示豌豆起源馴化，以及基因挖掘、種質創新、育種改良提供了寶貴資源及數據支撐。
Nature－Biotechnology定義病毒基因組標準：何謂高質量基因組
據說，地球上的微生物總量超過了銀河系中的恒星數量，而且病毒總量也要比之前預計的多得多。 在最新的Nature Biotechnology雜志上，美國能源部（DOE）聯合基因組研究所（JGI）構建了重要的病毒序列數據庫，同時提出了病毒基因組標準，指出了三類基因組質量的分級。 目前雖然許多病毒未
如何精準檢測評估基因組組裝質量？
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高質量沙漠蝗蟲基因組測序完成
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/6/481733.shtm 近日，美國農業部農業研究院（ARS）的一項研究公布了第一個高質量沙漠蝗蟲基因組。這項研究是ARS的Ag100Pest計劃的一部分。該計劃旨在破譯對農業和環境產生影響的100種害蟲
高質量向日葵基因組“來了”
英國《自然》雜志5月21日發表論文稱，法國卡斯塔內托洛桑國家農業研究院科研人員測序獲得了高質量的向日葵參考基因組，這在此前是非常難以完成的。這一資源將為未來的研究提供幫助，有助于人們在考慮到農業限制因素和人類營養需求的前提下，利用遺傳多樣性改善向日葵的抗逆性和產油量。 向日葵是一種全球性的油料
谷子高質量圖基因組“面紗”揭開
谷子即小米，起源于中國，作為糧食作物深受老百姓喜愛。近日，中國農業科學院作物科學研究所特色農作物優異種質資源發掘與創新利用團隊，通過對谷子種質資源的基因組分析，組裝了首個谷子高質量圖基因組，系統闡明了谷子起源及馴化改良的過程，并創制了谷子圖基因組精準高效育種方法，為培育谷子突破性品種提供了理論基礎和
高質量的巴戟天基因組圖譜發布
中藥材巴戟天來源于茜草科植物巴戟天（Morinda officinalis How）的干燥根，是我國著名的“四大南藥”和“十大廣藥”之一，具有1700余年藥用歷史，并收載于歷版《中華人民共和國藥典》。巴戟天在廣東省的栽培面積最大，產量占全國總產量的90%以上，肇慶市高要、德慶等地為歷史道
破譯對蝦基因組－獲國際首個高質量對蝦基因組參考圖譜
由中國科學院海洋研究所相建海和李富花研究組主導的研究團隊，與國內外多家單位共同合作，歷時十年成功破譯凡納濱對蝦基因組，獲得國際首個高質量對蝦基因組參考圖譜，研究成果于1月21日在《自然-通訊》（Nature communications）在線發表，為甲殼動物研究及對蝦基因組育種和分子改良提供了重
我國牽頭完成高質量豌豆參考基因組和泛基因組解析
9月22日，中國農業科學院作物科學研究所特色農作物優異種質資源發掘與創新利用創新團隊聯合國內外多家合作單位，成功繪制了中國豌豆基因組高質量精細物理圖譜，構建了栽培和野生豌豆泛基因組，解析了豌豆基因組進化特征、群體遺傳結構，為揭示豌豆起源馴化，以及基因挖掘、種質創新、育種改良提供了寶貴資源及數據支
用－PCR－控制基因組－DNA－文庫的質量實驗
? ? ? ? ? ? 試劑、試劑盒 ddH20 Vent 緩沖液 Vent DNA 聚合酶 dNTP 質粒 DNA PCR 引物
全球首個血橙高質量基因組發布
5月19日，重慶市農科院發布消息，該院果樹所柑橘創新團隊楊蕾、洪林、王敏、李霜等研究人員發布了國際首個血橙高質量基因組。相關研究成果以學術論文近日在國際期刊《科學數據》發表。楊蕾介紹，血橙是一種極具特色的甜橙品種，具有較高的花青素含量，其含有的多種成分對人體健康有益。目前，國內血橙主要在川渝地區種植
椰子高質量基因組揭示椰子高矮之謎
近日，中國熱帶農業科學院椰子研究所作為第一完成單位，聯合海南大學、廣西大學、華北理工大學科研團隊，在國際學術期刊《基因組生物學》上發表最新研究論文。 該研究繪制了兩個參考級別椰子基因組，結合變異組學、轉錄組學、代謝組學以及細胞學等，揭示了單子葉植物染色體的進化過程和椰子染色的形成歷程；分析了高矮
接近完整：高質量白菜基因組圖譜發布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494026.shtm近日，中國農業科學院蔬菜花卉研究所分子育種創新團隊研究獲得接近完整組裝的白菜基因組，揭示白菜著絲粒的快速進化特征。相關研究成果在線發表于《植物生物技術》（Plant Biotechno
首個藜麥高質量參照基因組公布
英國《自然》雜志2月8日在線發表的一篇植物科學論文，公布了首個藜麥高質量參照基因組。這項新成果將促進藜麥的遺傳改良和育種策略，有望提高全球糧食安全。 藜麥是一種營養豐富、無麩質、血糖指數低的作物，所含人體必需的氨基酸、纖維、脂肪、碳水化合物、維生素能和礦物質達到出色的平衡，是唯一一種單體植物，
用－PCR－控制基因組－DNA－文庫的質量實驗
在該方案中，用限制性內切酶的混合物處理人類基因組 DNA(內切酶混合物的識別位點為 4bp)，產生大概 50?500bp 的片段。最終使用這一類型的表達文庫，是通過利用表型的和生化的篩選方法，分離編碼功能多肽或蛋白片段的基因片段。用KlenowDNA 聚合酶處理后，基因組 DNA 片段成為平末端，然
全球首個血橙高質量基因組發布
5月19日，重慶市農科院發布消息，該院果樹所柑橘創新團隊楊蕾、洪林、王敏、李霜等研究人員發布了國際首個血橙高質量基因組。相關研究成果以學術論文近日在國際期刊《科學數據》發表。楊蕾介紹，血橙是一種極具特色的甜橙品種，具有較高的花青素含量，其含有的多種成分對人體健康有益。目前，國內血橙主要在川渝地區種植
用－PCR－控制基因組－DNA－文庫的質量實驗
試劑、試劑盒?ddH20Vent 緩沖液Vent DNA 聚合酶 dNTP質粒 DNAPCR 引物儀器、耗材?瓊脂糖凝膠電泳所需的試劑和設備熱循環儀實驗步驟?一、材料1. 緩沖液、溶液和試劑ddH202. 酶和酶緩沖液10X Vent 緩沖液Vent DNA 聚合酶3. 核酸和寡核苷酸dNTP，各
抗根腫病蕪菁高質量參考基因組發布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/4/478019.shtm 蕓苔屬植株在長期對抗根腫病菌的過程中CR基因的進化模型?? 課題組供圖 近日，華中農業大學教授張椿雨、教授楊慶勇團隊與沈陽農業大學教授樸鐘云團隊合作，發布了抗根腫病的歐
科學家構建高質量金粟蘭基因組圖譜
11月26日，《自然—通訊》以背靠背的形式在線發表了兩項由中國科研團隊主導的研究，這兩項研究填補了核心被子植物最后一個主要分枝——金粟蘭目的基因組信息，為破解被子植物的早期演化歷程提供了更翔實的證據。被子植物是地球上數量最多、種類最豐富的植物類群。還原植物清晰的間親緣關系系統發育樹，對了解被子植物的
基因組組裝質量評價的建議指標體系發布
近日，中國熱帶農業科學院熱帶作物品種資源研究所研究員王鵬聯合上海應用技術大學博士王飛，提出了評價基因組組裝連續性的CC?ratio（contig/染色體對數比例）指標，建立了基因組組裝質量評價的建議指標體系。該體系覆蓋連續性、完整性、準確性、雜合性、細胞器基因組等五個方面、共十四項指標，解決了基因組
幾近完整的高質量草莓參照基因組公布
據英國《自然·遺傳學》雜志25日在線發表的一項研究，美國科學家報告了一個幾近完整的草莓參照基因組。該高質量基因組不但為了解草莓起源和演化歷史提供了新見解，還對未來改善其品種及提高抗病性大有助力。 八倍體栽培種草莓卡姆羅莎有8組染色體，也被稱為花園草莓，因其味美清香而深受喜愛。 此次，美國密歇
多種測序技術成就高質量的蚊子基因組
提起蚊子，相信大家沒有愛只有恨吧。這種惱人的生物不僅會吵得你睡不好覺，還會傳播多種疾病。每年全球大約有4億人感染由埃及伊蚊（Aedes aegypti）傳播的病毒，包括登革熱、黃熱病、寨卡和基孔肯雅病毒。 為了更好地了解蚊子背后的生物學，并開發消滅蚊子的工具，由洛克菲勒大學領導的國際研究團隊本
高質量黑麥基因組揭示重要的農藝基因
Nature Genetics 2021年3月18日，由河南農業大學王道文研究員團隊聯合多個單位共同破譯黑麥基因組。相關研究成果“A high-quality genome assembly highlights rye genomic characteristics and agronomi
全球首張榨菜高質量基因組圖譜問世
9月6日，《自然-遺傳》（Nature Genetics）雜志在線發表了浙江大學農業與生物技術學院園藝系教授張明方團隊的最新研究成果，課題組通過高通量測序技術，繪制了世界上第一張榨菜全基因組圖譜，并從基因組選擇與進化層面解答了榨菜“家鄉味”的成因，這一進展將對芥菜類蔬菜作物的改良產生重要意義。
我國科學家開發高質量基因組組裝軟件
11月25日，中國科學院遺傳與發育生物學研究所梁承志研究組開發的高質量基因組組裝軟件HERA在《自然-通訊》在線發表（Nature Communications，DOI：10.1038/s41467-019-13355-3）。論文題目為Assembly of chromosome-scale c
高質量基因組揭示草果特有風味物質生物合成
近日，華南農業大學聯合怒江綠色香料產業研究院、中國農業科學院深圳基因組研究所、廣東藥科大學等8家單位完成了草果（Amomum tsao-ko）高質量基因組組裝工作及解析草果特有風味物質生物合成。相關研究在線發表于Horticulture Research。 草果是姜科豆蔻屬重要的香料作物，也是傳
我國學者攻破高質量角苔參考基因組
苔蘚類包括苔、蘚和角苔三大分支，是現存最早的陸生植物，代表了植物演化過程中從水生到陸生的過渡類群。長久以來關于早期陸地植物的起源與植物登陸一直存在諸多爭論和未解之謎。近年來，人們利用組學數據將早期陸地植物的系統位置爭論聚焦到了角苔類上。角苔類以其難解的系統位置、衍生與原始兼具的形態特征、與細菌和
首個野生大豆高質量參考基因組被解析
近日，香港中文大學林漢明教授團隊及華大基因等多家國內外機構合作完成了全球首個野生大豆高質量參考基因組解析，該成果為挖掘野生大豆遺傳資源和改良、優化栽培大豆品種提供了重要工具。相關研究成果近日在線發表于《自然-通訊》。圖片來源于網絡 基因組信息是當前作物改良計劃的重要基礎。過往大豆基因組研究主要