RulesofsiRNAdesignforRNAinterference(RNAi)
General GuidelinessiRNA targeted sequence is usually 21 nt in length.Avoid regions within 50-100 bp of the start codon and the termination codonAvoid intron regionsAvoid stretches of 4 or more bases such as AAAA, CCCCAvoid regions with GC content <30% or > 60%.Avoid repeats and low complex sequenceAvoid single nucleotide polymorphism (SNP) sitesPerform BLAST homology search to avoid off-target effects on other ......閱讀全文
Rules－of－siRNA－design－for－RNA－interference－(RNAi)
General GuidelinessiRNA targeted sequence is usually 21 nt in length.Avoid regions within 50-100 bp of the start codon and the termination codonAvoid
The－TRC－shRNA－Design－Methods－and－Rules
OverviewWe design shRNA molecules with an algorithm. Our algorithm uses several criteria to rank potential 21mer targets within each human and mouse R
siRNA－Design－Guidelines
Using siRNA for gene silencing is a rapidly evolving tool in molecular biology. There are several methods for preparing siRNA, such as chemical synthe
RNAi片段siRNA設計原則
RNAi target selection rules:Targeted regions on the cDNA sequence of a targeted gene should be located 50-100 nt downstream of the start codon (ATG).S
The－TRC－shRNA－Design－Methods－and－Rules2
Score the Candidates Sequences for SpecificityWe are forced to balance the prediction of knockdown efficiency against the desire to minimize interacti
Northern－protocol(RULES－FOR－RNA－WORK)
1.???????? Wear gloves at all time including filling pipet tip in racks, filling jars with Eppendorf tubes, and weighing chemicals to prepare solution
BLOCKiT－RNAi－Designer
Allows you to design synthetic siRNA, Stealth RNA, or shRNA molecules from nucleotide target sequences, or convert an siRNA molecule sequence into a S
RNA干擾技術(RNA－interference，RNAi)
1995年，康乃爾大學的Su Guo博士在試圖阻斷秀麗新小桿線蟲（C. elegans）中的par-1基因時，發現了一個意想不到的現象。她們本是利用反義RNA技術特異性地阻斷上述基因的表達，而同時在對照實驗中給線蟲注射正義RNA（sense RNA）以期觀察到基因表達的增強。但得到的結果
RNA干涉(RNA－Interference，RNAi)（2）
早期的 RNAi 技術可用在研究與胚胎發育相關基因的功能上，但是由于細胞分裂造成 dsRNA 的稀釋，使得這種方法在研究成體的基因功能時有一定的局限性。為彌補早期 RNAi 技術的不足，Tavernarakis 等將 RNAi 技術做了一些改進及更動，將目的基因之標的序列以反向重復的方式，由
RNA干涉(RNA－Interference，RNAi)（1）
基因沉默（gene silencing）是生物體內特定基因由于種種原因不表達的遺傳現象。一方面，基因沉默是生物遺傳操作創造新的遺傳修飾生物（genetically modified organisms）的障礙，另一方面，它又是植物抵抗外來核酸入侵（如病毒）的一種反應，為植物抗病毒的遺傳育
反義技術——RNA干擾（RNA－interference，RNAi）
最近由于RNA干擾（RNA interference，RNAi）的發現使反義領域的研究增多。這種自然發生的現象最早是在秀麗線蟲中發現的（1），是序列特異性地使轉錄后的基因沉默的有力機制。由于最近兩年在RNAi領域取得的進步，已經有許多這方面的綜述發表（2-4）。RNA干擾是由長的雙鏈 RNA
RNA干擾（RNA－interference，RNAi）基礎知識(1)
Rnai最近由于RNA 干擾（RNA interference，RNA i）的發現使反義領域的研究增多。這種自然發生的現象最早是在秀麗線蟲中發現的（1），是序列特異性地使轉錄后的基因沉默的有力機制。由于最近兩年在 RNA i領域取得的進步，已經有許多這方面的綜述發表（2-4）。RNA 干擾是
RNA干擾（RNA－interference，RNAi）基礎知識(2)
1RNA i的發現RNA i是在研究秀麗新小桿線蟲（C. elegans）反義RNA （antisenseRNA ）的過程中發現的，由dsRNA 介導的同源RNA 降解過程。1995年，Guo等發現注射正義RNA （senseRNA ）和反義RNA 均能有效并特異性地抑制秀麗新小桿線蟲par
RNA干擾（RNA－interference，RNAi）基礎知識(3)
SiRNASmall interfering RNA (siRNA)：是一種小RNA分子（~21-25核苷酸），由Dicer（RNAase Ⅲ家族中對雙鏈RNA具有特異性的酶）加工而成。SiRNA是siRISC的主要成員，激發與之互補的目標mRNA的沉默。ShRNAshRNA 短發夾RNAshRNA
The－TRC－shRNA設計方法與原則
OverviewWe design shRNA molecules with an algorithm. Our algorithm uses several criteria to rank potential 21mer targets within each human and mouse R
哺乳動物RNAi技術－Mammalian－RNA－Interference
Mammalian RNA InterferenceThomas TuschlLaboratory for RNA Molecular BiologyThe Rockefeller University, New York?Excerpted from?RNAi: A Guide To Gene S
RNA干擾相關知識Small－interfering－RNA（siRNA）
Small interfering RNA（siRNA）：是一種小RNA分子（~21-25核苷酸），由Dicer（RNAase Ⅲ家族中對雙鏈RNA具有特異性的酶）加工而成。SiRNA是siRISC的主要成員，激發與之互補的目標mRNA的沉默。
Small－interfering－RNA（siRNA）的概念
Small interfering RNA（siRNA）：是一種小RNA分子（~21-25核苷酸），由Dicer（RNAase Ⅲ家族中對雙鏈RNA具有特異性的酶）加工而成。SiRNA是siRISC的主要成員，激發與之互補的目標mRNA的沉默。
RNAi相關的名詞解釋[英文]
Argonaute?- A family of proteins containing multiple domains and involved in RNA interference (RNAi). Argonatue is the main component of RNAi effector
RNAi術語表
RNAi GlossaryDicer?- Dicer is a member of the RNase III family of nucleases that specifically cleave double-stranded RNAs. Dicer processes long dsRNA
siRNA用戶手冊
The siRNA user guide??(revised May 6, 2004)?Selection of siRNA duplexes from the target mRNA sequenceUsing Drosophila melanogaster lysates (Tuschl et
SiRNA用戶指南
Selection of siRNA duplexes from the target mRNA sequenceUsing Drosophila melanogaster lysates (Tuschl et al. 1999), we have systematically analyzed t
RNAi的作用機制及siRNA的合成方法（二）
2.3 倍增階段??? siRNA在RNA依賴性RNA聚合酶(RdRP)的作用下，以mRNA為模板，siRNA為引物，擴增產生足夠數量的dsRNA作為底物提供給Dicer酶，產生更多的siRNA， 可再次形成RISC，并繼續降解mRNA，從而產生級聯放大效應。并作用于靶mRNA。如此反復
Small－interfering－RNA（siRNA）是什么意思？
Small interfering RNA（siRNA）：是一種小RNA分子（~21-25核苷酸），由Dicer（RNAase Ⅲ家族中對雙鏈RNA具有特異性的酶）加工而成。SiRNA是siRISC的主要成員，激發與之互補的目標mRNA的沉默。
關于小干擾RNA的siRNA設計介紹
最初，siRNA序列的選擇是基于實驗經驗而獲得的（Elbashir et al. 2001，2002）。最近，生物信息學工具被用來設計siRNA（表18-1），目前多個數據庫收錄了經過實驗確證的siRNA和shRNA。值得推薦的是，在設計新的siRNA之前可以通過搜索已有的siRNA數據庫和科研
RNAi原理圖解
The Mechanism of RNA Interference (RNAi)Long double-stranded RNAs (dsRNAs; typically >200 nt) can be used to silence the expression of target genes in
Differential－Interference－Contrast
Differential Interference Contrast (Nomarski, DIC, Hoffman Modulation Contrast)PrincipleDifferential interference microscopy requires several optical
siRNA數據庫與設計工具
siRNA DatabaseSearchable database of Silencer ? Validated and Pre-designed siRNAs to >34,000 human, mouse, and rat targets. All siRNAs in the database
RNAi技術專有名詞(1)
1.RNAi：（RNA interference）RNA干擾 一些小的雙鏈RNA可以高效、特異的阻斷體內特定基因表達，促使mRNA降解，誘使細胞表現出特定基因缺失的表型，稱為RNA干擾（RNA interference，RNAi，也譯作RNA干預或者干涉）。它也是體內抵御外在感染的一種重要保護機
RNA干涉實驗——采用RNA聚合酶Ⅲ啟動子表達siRNA分子
實驗方法原理因為哺乳動物細胞不具備低等真核生物細胞所具有的擴增 RNAi 信號的機制，因此人工合成或體外轉錄的 siRNA 分子在細胞內的作用是瞬時性的，不適合用于進行靶基因的表達受到抑制后細胞表型的長期變化觀察，也不適于進行文庫的篩選。此外，體外制備 siRNA 分子的成本比較高，而且 siRNA