研究發現全新全基因組組裝方法
十年前，Illumina基因組測序技術進入市場時，前所未有的龐大數據量淘汰了較早開發的測序分析工具。 歷史總是重演。如今，第三代測序技術已經達到低成本群體測序規模的臨界點。 英國時間12月9日，《自然—方法學》在線發表了第一個能夠跟上基因組測序產生速度的組裝算法。 這篇論文只有兩位作者，他們是中國農業科學院農業基因組研究所阮玨博士與美國哈佛大學醫學院李恒博士。這個新的第三代測序數據組裝算法被他們稱為Wtdbg。 三代測序的尷尬 20年前，破譯人類遺傳密碼還是極具挑戰的大科學工程，當時的人類基因組測序計劃與曼哈頓原子彈計劃、阿波羅計劃并稱為三大科學計劃。 如今，完成一個人的全基因組測序已經是普通實驗室甚至家庭都可以負擔起費用的“平常”事情。用第三代測序技術完成個體全基因組測序僅需一天時間，費用也已經低于5萬元。 2011年，PacBio公司正式宣布三代單分子測序開始商業化。相比于二代測序每個序列的幾百堿基對測序......閱讀全文
研究發現全新全基因組組裝方法
十年前，Illumina基因組測序技術進入市場時，前所未有的龐大數據量淘汰了較早開發的測序分析工具。 歷史總是重演。如今，第三代測序技術已經達到低成本群體測序規模的臨界點。 英國時間12月9日，《自然—方法學》在線發表了第一個能夠跟上基因組測序產生速度的組裝算法。 這篇論文只有兩位作者，
分析比產生更快？中國“智”造全基因組組裝算法
10年前，Illumina基因組測序技術進入市場時，前所未有的龐大數據量淘汰了較早開發的測序分析工具。 歷史總是重演。如今，第三代測序技術已經達到低成本群體測序規模的臨界點。 12月10日，《自然—方法學》在線發表了第一個能夠跟上基因組測序產生速度的組裝算法。 論文作者、中國農業科學院農業
國際首例豬T2T全基因組組裝成功
2月8日，中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所張龍超研究員、黑龍江省農業科學院畜牧研究所劉娣研究員、重慶市畜牧科學院王金勇研究員、岳麓山實驗室印遇龍院士、四川農業大學李明洲教授聯合發布消息，國際首個豬T2T全基因組組裝——民豬完整全基因組構建成功完成，標志著豬基因組研究邁入“完整解析”時代，為我國養殖業
馬鈴薯單倍型DM基因組全序列完成圖組裝成功
中國農業科學院蔬菜花卉研究所馬鈴薯遺傳育種與栽培創新團隊和蔬菜分子設計育種創新團隊，對馬鈴薯單倍型DM的基因組進行了全序列組裝，獲得了包含24個端粒和12個著絲粒完整序列的馬鈴薯單倍型DM的端粒到端粒（T2T）的基因組完成圖（DM8.1），并在之前馬鈴薯基因組未能完整組裝的高度重復序列區域中，發現了
聚焦基因組組裝－至今最大組裝競賽尋找最優基因組指標
2013年7月23日，由華大基因和BioMed Cental聯合創辦的開放式期刊《GigaScience》發表了當前最大、最系統的基因組組裝過程及評價結果。在第二屆Assemblathon競賽中，共有21個團隊基于由三種不同的測序技術所得的鳥、魚和蛇的未組裝基因組數據，提交了43個組裝結果，
Nature－Methods：De－Novo基因組序列組裝的新方法
對于de novo人類基因組序列組裝而言，短讀長簡直意味著不可能的任務。不過，加州大學舊金山分校、BioNano Genomics和10X Genomics的研究人員近日開發出一種新的組裝方法，它將short-read測序與10X的linked-read測序相結合。這項成果于近日發表在《Natu
《自然—方法學》發表媲美基因組測序速度的組裝算法。
10年前，Illumina基因組測序技術進入市場時，前所未有的龐大數據量淘汰了較早開發的測序分析工具。 歷史總是重演。如今，第三代測序技術已經達到低成本群體測序規模的臨界點。 12月10日，《自然—方法學》在線發表了第一個能夠跟上基因組測序產生速度的組裝算法。 論文作者、中國農業科學院農業
OPGEN全基因組圖譜應用系列——鞭蟲全基因組測序
鞭蟲是一種常見的土壤傳播寄生蟲，地理分布廣，感染率高，寄生于人體盲腸，導致人體慢性感染，對人類危害巨大。鞭蟲的全基因組測序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，發表在世界頂級期刊《Nature Genetics》上。該研究通過對2種不同
科學家開發新的人類基因組組裝方法
最近，美國楊百翰大學的研究人員，開發出了一種新的人類基因組組裝方法，并無意中發現了一種新的方法，可識別幾種常見遺傳病中難以捉摸的標記。 這種新方法依賴于研究人員開發的一種新算法，這種方法對于DNA序列中特定類型的變異，更為敏感。 本文第一作者、計算機科學博士Paul Bodily指出：“這需
版納園提出基于稀疏圖結構的基因組組裝改進方法
全基因組組裝工作是生物信息領域最基礎也是最難的課題之一。長久以來，這項工作的實現需要耗用極大量計算機內存。 曾在中科院西雙版納熱帶植物園動植物關系研究組工作的葉承羲（現為美國馬里蘭大學計算機系計算生物方向博士研究生）在該園工作期間內，提出一新穎簡潔的算法解決了這一難題。2012年4月，葉承
新軟件按需組裝無縫基因組序列
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494014.shtm 科技日報北京2月16日電?（記者張夢然）美國國立衛生研究院研究人員發布了一種創新的軟件工具，用于組裝來自各種物種的真正完整（即無縫）的基因組序列。這種名為Verkko的軟件在芬蘭
從全血中純化基因組－DNA－實驗方法
用于從全血（10 ml) 中分離基因組 DNA 的 Wizard 基因組 DNA 純化試劑盒建立在一個四步程序基礎上的。純化程序的第一步包括血紅細胞的裂解、可溶部分的棄除，隨后是白細胞及其細胞核的裂解。本實驗來源于 PCR 實驗指南（第二版），作者：種康，瞿禮嘉。試劑、試劑盒乙醇異丙醇RNA 酶 A
從全血中純化基因組－DNA－實驗方法
試劑、試劑盒 乙醇異丙醇RNA 酶 A全血儀器、耗材 瓊脂糖凝膠電泳離心管Wizard 基因組 DNA 純化試劑盒實驗步驟 一、材料1. 緩沖液、溶液和試劑乙醇，70%，室溫異丙醇, 室溫RNA 酶 A將 RNA 酶 A 溶解于 DNA 再水合液中至終濃度為 4 mg/ml, 煮沸 10min 以去
從全血中純化基因組－DNA－實驗方法
? ? ? ? ? ? 試劑、試劑盒 乙醇 異丙醇 RNA 酶 A 全血 儀器、耗材 瓊脂糖凝膠電泳
新方法破解高雜合物種單倍型基因組組裝難題
近日，南京農業大學梨工程技術研究中心教授張紹鈴團隊在《基因組研究》在線發表最新研究成果。該研究將單花粉原生質體分離的新方法與單細胞DNA擴增技術相結合，并采用“條形碼”生物信息學策略整合了12個花粉細胞的單倍體特征序列數據，從而開發出一種高雜合物種單倍型基因組組裝的新方法。 論文通訊作者張紹鈴
如何精準檢測評估基因組組裝質量？
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/510594.shtm
基因組組裝可縮短至幾分鐘？
當今，研究人員通常依賴新一代測序儀，將獨特的DNA堿基序列（只有四個）翻譯成字母：A，G，C和T。而DNA鏈長達數十億個堿基，這些機器可產生非常短的讀數，一次大約50至300個字符。為了從這些字母中提取信息，科學家們需要重建基因組的位置——這個過程類似于重建一本書中文本片段的句子和段落。 但
無缺口組裝！水稻完整參考基因組發布
近日，中國農業科學院深圳農業基因組研究所聯合海南崖州灣實驗室、中國水稻研究所、中國農科院作物科學研究所和揚州大學等多個單位發布完整的水稻參考基因組，實現了全基因組所有染色體端粒到端粒無缺口組裝，為水稻育種研究提供了新的有力工具和重要大數據基礎。相關研究成果發表在《分子植物》（Molecular
新篇章：單細胞基因組從頭組裝
隨著單堿基精度和讀取長度的提高，利用批量樣本的單分子長讀測序技術已廣泛應用于基因組組裝。通常，長讀測序組裝需要大量的DNA(通常來自數百萬個細胞的幾微克)，因此大多數人類基因組組裝被限制在批量基因組測序數據集，而沒有保持單個細胞之間潛在的遺傳異質性。然而，這在許多情況下是不切實際的。相比之下，單細胞
定位全基因組范圍DNA修復的新方法
北卡羅來納大學的研究人員近日開發出一種全基因組范圍的測序分析，可定位DNA切除修復。這種被稱為切除修復測序（XR-seq）的方法發表在新一期的《Genes & Development》雜志上。 這項研究的通訊作者是北卡羅來納大學醫學院生物化學及生物物理系的Aziz Sancar以及芝加哥大學人
全基因組擴增技術介紹
研究人員通常會在下游分析中遭遇DNA樣本量有限或不足的問題。QIAGEN的全基因組擴增技術通過以包括單細胞在內的小量樣本或珍貴樣本擴增獲得基因組DNA，解決此類難題。REPLI-g?Kit能夠準確地復制原始DNA樣本，不會造成偏差，擴增后的DNA可以直接應用于廣泛的遺傳學分析。什么是全基因組擴增(w
人類全基因組測序計劃
全基因組測序是對未知基因組序列的物種進行個體的基因組測序。 1986年， Renato Dulbecco是Z早提出人類基因組測序的科學家之一。他認為如果能夠知道所有人類基因的序列，對癌癥的研究將會很有幫助。美國能源部（DOE）與美國國家衛生研究院（NIH），分別在1986年與1987年加入人類基
虎尾海馬全基因組破譯
中科院南海海洋研究所、德國康斯坦茨大學、華大基因和新加坡A*STAR研究院聯合破譯了虎尾海馬的全基因組。有關研究成果日前以封面文章的形式發表在《自然》雜志上。 海馬隸屬于海龍科。與其他硬骨魚不同，海馬呈現高度特殊的形態，例如頭部前方具有管狀長嘴，無腹鰭和尾鰭，尾端卷曲，全身覆蓋硬骨骼，沒有鱗片
科學家開發基因組組裝質量評估和改進的新方法
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/510636.shtm
AJMG：全基因組測序方法破解兒童罕見疾病大難題
近日，來自美國翻譯基因組學研究院(Translational Genomics Research institute)的研究人員通過研究鑒別出了能夠引發兒童機體異常和發育遲緩的基因突變，相關研究刊登于國際雜志American Journal of Medical Genetics上。基于對6歲兒
基于深度學習的全基因組選擇新方法誕生
近日，中國農業科學院作物科學研究所、三亞南繁研究院大數據智能設計育種創新團隊聯合多家單位提出利用植物海量多組學數據進行全基因組預測的深度學習方法, 可以實現育種大數據的高效整合與利用，將助力深度學習在全基因組選擇中的應用，為智能設計育種及平臺構建提供有效工具。相關研究成果發表在《分子植物》（Mole
全基因組的比較基因組雜交技術介紹
Whole-Genome and Custom Fine-Tiling Array CGHComparative Genomic Hybridization (CGH) measures DNA copy number differences between a reference genome a
單分子測序改善微生物基因組組裝
美國國家生物防衛分析和反制中心的研究人員近日在《Genome Biology》上發表文章，介紹了SMRT技術在微生物基因組組裝上的應用。他們認為，單分子測序數據能降低測序費用，并帶來更多完整的基因組，改善微生物基因組數據庫的質量。 隨著測序費用的不斷下降，測序項目的數量也在不斷上升。G
中國農大玉米基因組組裝取得重大突破
玉米是一種重要的作物，具有高水平的基因組多樣性和雜種優勢。先前發布了典型雌性系B73的基因組序列。7月30日，中國農業大學教授賴錦盛研究組在Nature Genetics在線發表研究論文，報告了相應的雄性代表系Mo17的從頭基因組裝配。圖片源自網絡 B73/Mo17是許多遺傳和分子研究中最常見
植物線粒體基因組組裝新工具研發成功
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/2/494540.shtm近日，中國農業科學院深圳農業基因組研究所綠色輕簡超級稻遺傳解析與分子育種創新團隊開發出一套新型植物線粒體基因組組裝工具GSAT。該工具能夠快速組裝圖形化植物線粒體基因組，更好地評估其泛